Model-driven execution of phenotype algorithms - introduction of the Terminology- and Ontology-based Phenotyping Framework

Abstract: Automated detection of patients who meet certain clinical criteria or who experience adverse events plays a key role in improving patient care. Rule-based systems are one approach to enable standardised modelling of algorithms to detect patients with certain observable characteristics (phenotypes). Another important aspect is the retrieval of data from electronic health records in hospital information systems and clinical research database systems. In this work, we propose a new rule-based system, suitable for domain experts without IT background that allows automatic retrieval of patient data on execution by translating search queries into source-specific query languages.As a basis for rule-based structured phenotype algorithms, we use a model derived from the Core Ontology of Phenotypes. The model allows phenotype algorithms to be defined with properties such as code system relationships to improve interoperability. With a relatively simple mapping, IT specialists can provide a ...
Abstract: Die automatisierte Erkennung von Patienten, die bestimmte klinische Kriterien erfüllen oder unerwünschte Ereignisse aufweisen, spielt eine wichtige Rolle bei der Verbesserung der Patientenversorgung. Regelbasierte Systeme sind eine Möglichkeit, die standardisierte Modellierung von Algorithmen zur Erkennung von Patienten mit bestimmten beobachtbaren Merkmalen (Phänotypen) zu ermöglichen. Ein weiterer wichtiger Aspekt ist der Abruf von Daten aus elektronischen Patientenakten in Krankenhausinformationssystemen und klinischen Forschungsdatenbanksystemen. In dieser Arbeit wird ein neues regelbasiertes System beschrieben, das für Fachleute ohne IT-Hintergrund geeignet ist und die automatische Abfrage von Patientendaten bei der Ausführung ermöglicht, indem Suchanfragen in quellenspezifische Abfragesprachen übersetzt werden.Als Grundlage für regelbasierte strukturierte Phänotyp-Algorithmen wird ein Modell verwendet, das von der Core Ontology of Phenotypes abgeleitet ist. Das Modell ermögl...

Object Details

• Alternative title: Modell-getriebene Ausführung von Phänotyp-Algorithmen - Einführung des Terminology- and Ontology-based Phenotyping Framework
• Location: Deutsche Nationalbibliothek Frankfurt am Main
• Extent: Online-Ressource
• Language: Englisch

References and Relationships

• Bibliographic citation: Model-driven execution of phenotype algorithms - introduction of the Terminology- and Ontology-based Phenotyping Framework ; volume:19 ; day:20 ; month:11 ; year:2023 ; GMS Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie ; 19 (20.11.2023)

Classification and Topics

• Classification: Medizin, Gesundheit

Contributors, Places and Time

• Creator: Beger, Christoph ; Matthies, Franz ; Schäfermeier, Ralph ; Uciteli, Alexandr

Further information

• DOI: 10.3205/mibe000256
• URN: urn:nbn:de:0183-mibe0002565
• Rights: Open Access; Der Zugriff auf das Objekt ist unbeschränkt möglich.
• Last update: 15.08.2025, 7:30 AM CEST